Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh được tổ chức thành các trường, phân hiệu thành viên sau:[57]

Trường Kinh doanh

• Ban Giám hiệu: Quyền Hiệu trưởng là GS.TS. Sử Đình Thành và Phó Hiệu trưởng là PGS.TS. Bùi Thanh Tráng.

Trường hiện đào tạo 13 ngành bậc Cử nhân: Quản trị kinh doanh, Kinh doanh quốc tế, Marketing, Kinh doanh thương mại, Tài chính - Ngân hàng, Tài chính quốc tế, Bảo hiểm, Kế toán, Kiểm toán, Quản trị dịch vụ du lịch & lữ hành, Quản trị khách sạn, Logistics & Quản lý chuỗi cung ứng, Quản lý bệnh viện và 04 ngành bậc Thạc sĩ và Tiến sĩ: Quản trị kinh doanh, Kinh doanh thương mại, Tài chính - Ngân hàng, Kế toán.

Trường Kinh tế - Luật - Quản lý nhà nước

Tổ chức: Quyền Hiệu trưởng là GS.TS. Sử Đình Thành, Phó Hiệu trưởng là TS. Đinh Công Khải và Phó Hiệu trưởng là TS. Phạm Khánh Nam.

Trường đào tạo 12 ngành bậc Cử nhân: Kinh tế, Kinh tế đầu tư, Kinh tế Chính trị, Bất động sản, Tài chính công, Quản lý Thuế, Quản trị Hải quan & Ngoại thương, Quản trị nhân lực, Quản lý công, Kinh doanh nông nghiệp, Luật, Luật Kinh tế; 08 ngành bậc Thạc sĩ: Quản trị nhân lực, Quản lý kinh tế, Kinh tế Chính trị, Tài chính công, Quản lý công, Chính sách công, Luật Hiến pháp & Luật Hành chính, Luật Kinh tế; và 04 ngành bậc Tiến sĩ: Kinh tế phát triển, Kinh tế Chính trị, Tài chính công, Luật Kinh tế.

Trường Công nghệ và Thiết kế

Tổ chức: Quyền Hiệu trưởng là TS. Bùi Quang Hùng và Phó Hiệu trưởng là PGS.TS. Nguyễn Khắc Quốc Bảo.

Trường đào tạo 08 ngành bậc Cử nhân: Toán Kinh tế, Thống kê Kinh tế, Hệ thống thông tin quản lý, Thương mại điện tử, Kỹ thuật phần mềm, Khoa học dữ liệu, Kiến trúc và thiết kế Đô thị thông minh, Công nghệ & Đổi mới sáng tạo; 05 ngành bậc Thạc sĩ: Toán Kinh tế, Thống kê Kinh tế, Hệ thống thông tin quản lý, Toán ứng dụng, Quản lý đô thị thông minh & sáng tạo; và 01 ngành bậc Tiến sĩ: Thống kê.

Phân hiệu UEH tại Vĩnh Long

Tổ chức: Giám đốc là TS. Bùi Quang Hùng và Phó Giám đốc thường trực là ThS. Nguyễn Thị Thúy Liễu.

Các đơn vị đào tạo khác

• Viện Đào tạo quốc tế (ISB): Đào tạo Chương trình Cử nhân tài năng – ISB BBUS (hoàn toàn bằng tiếng Anh) và các chương trình Cử nhân, Thạc sĩ và Tiến sĩ liên kết với các đối tác nước ngoài với tên gọi là Global Pathways.[58]
• Viện Đào tạo Sau đại học
• Khoa Lý luận chính trị
• Khoa Ngoại ngữ
• Ban Giáo dục thể chất

Đơn vị tham gia quản lý và phục vụ đào tạo

• Thư viện thông minh (Smart Library)
• Phòng Chăm sóc và Hỗ trợ người học (DSA)
• Trung tâm Phát triển khởi nghiệp
• Nhà xuất bản Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh
• Trạm Y tế

Đơn vị Khoa học công nghệ – Thông tin kinh tế

• Tạp chí Nghiên cứu Kinh tế và Kinh doanh Châu Á
• Viện Ngôn ngữ – Quốc tế học (ILACS)
• Viện Nghiên cứu kinh doanh
• Trung tâm Dữ liệu – Phân tích kinh tế
• Trung tâm Nghiên cứu và phát triển quản trị (CEMD)

Hội đồng tư vấn

• Hội đồng Khoa học và đào tạo
• Hội đồng Tư vấn chiến lược và chính sách
• Hội đồng Đảm bảo chất lượng
• Các Hội đồng tư vấn khác